Japonsko leží v dvoch klimatických pásmach – subtropickom na juhu a miernom na severe.
Japonsko je možné navštíviť v priebehu celého roku, pri plánování cesty je treba myslieť na to, že letá tu bývajú horúce s možným výskytom tajfúnov (v období jún – august). Zimy sú mierne a vlhké.
Často sa do Japonska cestuje na jar, keď kvitnú sakury, a tiež na jeseň, keď pominie obdobie tajfúnov a krajina sa zafarbí do odtieňov hnedej, žltej a červenej.